A、形態較大，質地疏松，外觀干燥，不透明，呈現或松或緊的形狀。

B、菌落和培養基間的連接緊密，不易挑取，菌落正面與反面的顏色、構造，以及邊緣與中心的顏色、構造常不一致。

C、霉菌的菌絲有營養菌絲和氣生菌絲的分化，而氣生菌絲沒有毛細管水，故它們的菌落必然與細菌或酵母菌的不同，較接近放線菌。

霉菌的菌絲。構成霉菌營養體的基本單位是菌絲。菌絲是一種管狀的細絲，把它放在顯微鏡下觀察，很像一根透明膠管，它的直徑一般為3～10微米，比細菌和放線菌的細胞約粗幾倍到幾十倍。菌絲可伸長并產生分枝，許多分枝的菌絲相互交織在一起，就叫菌絲體。

根據菌絲中是否存在隔膜，可把霉菌菌絲分成兩種類型：無隔膜菌絲和有隔膜菌絲。無隔膜菌絲中無隔膜，整團菌絲體就是一個單細胞，其中含有多個細胞核。這是低等真菌所具有的菌絲類型。有隔膜菌絲中有隔膜，被隔膜隔開的一段菌絲就是一個細胞，菌絲體由很多個細胞組成，每個細胞內有1個或多個細胞核。在隔膜上有1至多個小孔，使細胞之間的細胞質和營養物質可以相互溝通。這是高等真菌所具有的菌絲類型。

為適應不同的環境條件和更有效地攝取營養滿足生長發育的需要，許多霉菌的菌絲可以分化成一些特殊的形態和組織，這種特化的形態稱為菌絲變態。

生長在固體培養基上的霉菌菌絲可分為三部分：①營養菌絲：深入的培養基內，吸收營養物質的菌絲；②氣生菌絲：營養菌絲向空中生長的菌絲；③繁殖菌絲：部分氣生菌絲發育到一定階段，分化為繁殖菌絲，產生孢子。

吸器：由專性寄生霉菌如銹菌、霜霉菌和白粉菌等產生的菌絲變態，它們是從菌絲上產生出來的旁枝，侵入細胞內分化成根狀、指狀、球狀和佛手狀等，用以吸收寄主細胞內的養料。

假根：根霉屬霉菌的菌絲與營養基質接觸處分化出的根狀結構，有固著和吸收養料的功能。

菌網和菌環：某些捕食性霉菌的菌絲變態成環狀或網狀，用于捕捉其它小生物如線蟲、草履蟲等。

菌核：大量菌絲集聚成的緊密組織，是一種休眠體，可抵抗不良的環境條件。其外層組織堅硬，顏色較深；內層疏松，大多呈白色。如藥用的茯苓、麥角都是菌核。

子實體：是由大量氣生菌絲體特化而成，子實體是指在里面或上面可產生孢子的、有一定形狀的任何構造。例如有三類能產有性孢子的結構復雜的子實體，分別稱為閉囊殼、子囊殼和子囊盤。

由于霉菌的菌絲較粗而長，因而霉菌的菌落較大，有的霉菌的菌絲蔓延，沒有局限性，其菌落可擴展到整個培養皿，有的種則有一定的局限性，直徑1～2厘米或更小。菌落質地一般比放線菌疏松，外觀干燥，不透明，呈現或緊或松的蛛網狀、絨毛狀或棉絮狀；菌落與培養基的連接緊密，不易挑取；菌落正反面的顏色和邊緣與中心的顏色常不一致。