穩(wěn)定細胞系是指將外源基因整合到宿主細胞基因組中，使外源基因能夠在宿主細胞中長期穩(wěn)定表達，這樣的細胞系稱為穩(wěn)定細胞系。其原理是將外源基因克隆到具有某種抗性的載體上，通過轉(zhuǎn)染宿主細胞，外源基因整合到宿主染色體上，用載體中所含抗性基因進行篩選即可得到成功整合目的基因的細胞。在試驗過程中，常用的真核表達載體抗性篩選標志物有嘌呤霉素(puromycin)、新霉素(neomycin)、潮霉素(hygromycin)等。通過篩選可得到符合實驗要求的穩(wěn)定高表達目的蛋白細胞株或者穩(wěn)定沉默目的基因的細胞株。

其建立的原理是，將我們所要的目的基因真核到宿主細胞上，隨著細胞的生長繁殖，目的基因可以穩(wěn)定的表達，在通過抗生素的不斷加壓篩選，得到構(gòu)建穩(wěn)定細胞系的過程。相對于瞬時轉(zhuǎn)染，穩(wěn)定轉(zhuǎn)染技術(shù)持續(xù)周期長，細胞整合穩(wěn)定，能夠滿足后期對蛋白的大量需求。
以下情況需要使用穩(wěn)定細胞系：

1、實驗周期長，要求外源DNA在分裂細胞中長期表達，>2周。

2、需要構(gòu)建誘導(dǎo)表達系統(tǒng)。當目的基因的過表達或者干擾需要時空特異性，或者會引起細胞毒性等不利影響。

3、基因敲除/插入等修飾宿主細胞基因組的實驗。

4、篩選拷貝數(shù)適宜的細胞。

5、對于某些很難轉(zhuǎn)染的細胞種類。即使病毒載體也無法實現(xiàn)高效率轉(zhuǎn)導(dǎo)。

6、通過構(gòu)建穩(wěn)定細胞株實現(xiàn)更好的基因干擾效果。

7、后續(xù)實驗中需要將轉(zhuǎn)染細胞注射進入動物體內(nèi)。

8、需要構(gòu)建單克隆細胞株可以去除個體差異。