菌種保藏的方法很多，但原理大同小異。首先要挑選優(yōu)良純種。利用微生物的孢子、芽孢及營(yíng)養(yǎng)體；其次，根據(jù)其生理、生化性，人為創(chuàng)造低溫、干燥或缺氧等條件，抑制微生物的代謝作用，使其生命活動(dòng)降低到極低的程度或處于休眠狀態(tài)，從而延長(zhǎng)菌種生命以及使菌種保持原有的形狀，防止變異。不管采用哪種保藏方法，在菌種保存過程中要求不死亡、不污染雜菌和不退化。
 
短期：斜面保藏

斜面保藏是目前最普遍的短期保藏法，操作簡(jiǎn)單，使用方便，但需定期接種。因此工作量較大，而且傳代次數(shù)多易發(fā)生變異，因此，僅適用于短期經(jīng)常使用的菌種。

1. 配制培養(yǎng)基，營(yíng)養(yǎng)成分濃度稍低為宜，特別是糖類盡可能降低，產(chǎn)酸菌種，則應(yīng)添加少量碳酸鈣；

2. 斜面裝液量，斜面以傾斜后不超過試管長(zhǎng)度 1/2 為宜；

3. 斜面培養(yǎng)，溫度較最適稍低，時(shí)間較最適略長(zhǎng)；

4. 生長(zhǎng)完成后，密封置于 2~8℃的冰箱中保藏。每傳代一次，霉菌、放線菌及有芽孢的細(xì)菌可保存 1~3 個(gè)月，酵母菌 2 個(gè)月，細(xì)菌1個(gè)月。

活化使用：

將斜面從冰箱中取出，細(xì)菌挑取菌落增菌，或霉菌切塊傳代培養(yǎng)，培養(yǎng)好即可使用。

長(zhǎng)期：冷凍保藏

冷凍保藏是目前使用較為廣泛的長(zhǎng)期保藏法之一，適用于所各類微生物，較之于斜面保藏，減少了工作量，延長(zhǎng)了保藏時(shí)間。

1. 準(zhǔn)備斜面或平板新鮮培養(yǎng)物一個(gè)，10%的無菌甘油溶液；

2. 用甘油溶液將菌體或孢子洗脫下來，形成菌懸液；

3. 菌懸液分裝，凍存管裝液 1mL/支，后置于程序降溫盒；

4. 將程序降溫盒置于-80℃冰箱凍存；

5. 可保藏 1-2 年。

活化使用：

1. 將凍存菌株置于凍存盒中取出，準(zhǔn)備水浴溶解，切勿常溫融化；

2. 將菌株迅速置于水浴速溶，細(xì)菌 40℃，真菌 30℃，約 2min 全部溶解后接種到適宜培養(yǎng)基；

3. 采用適宜條件培養(yǎng)完成即可。