常用的細胞染色方法有：
1、簡單染色法，常用堿性染料如美藍等進行簡單染色；
2、革蘭氏染色法，主要包括結晶紫初染、碘液媒染、乙醇(或丙酮)脫色以及番紅復染四個過程；
3、瑞氏染色法，瑞氏染料溶劑主要是由伊紅美藍組成；
4、吉姆薩染色法，吉姆薩染色原理與結果和瑞特染色法基本相同；
5、細胞免疫熒光染色法，免疫熒光染色的主要原理是利用抗原抗體之間的特異性結合。
染色是生物顯微玻片標本制作中最重要的環節之一。先把破壞細胞膜的選擇透過性，再使用染色劑，將生物組織浸入染色劑內，使組織細胞的某一部分染上與其他部分不同的顏色或深度不同的顏色，產生不同的折射率，以便觀察。
另外，銀染法也較常用。當組織塊浸入硝酸銀溶液中時，有的組織結構能直接把硝酸銀還原，使銀粒附于其上，呈棕黑色或棕黃色。有些結構本身對硝酸銀無直接還原能力，若加入還原劑，可使硝酸銀還原沉淀顯色。

細胞染色注意事項：
1、細胞染色部位
細胞表面染色
胞內抗原染色
同時標記胞膜和胞內抗原
單色標記
多色標記

2、細胞表面標記
表面抗原也可能表達于細胞內
染色細胞表面標記的細胞一定是活的未標記細胞
親細胞抗體的存在，使染色復雜。可用洗滌白細胞的方法，或在不含離子的緩沖液中37C孵育1小時，可有效去除親細胞抗體
Fc受體，可以加外源性免疫球蛋白阻斷或采用同型對照

3、細胞內標記
對細胞打孔，使單抗可以進入細胞內，同時又不破壞細胞結構的完整性
一般來說，進行胞內抗原染色時不能同時檢測細胞的活性，除非用EMA標記
檢測某一抗原是否表達，以及對抗原進行表達定位時，檢測同一標本的胞膜和胞漿抗原要分開進行。
對于某些核酸染料（如DAPI、TO、AO等）為活胞染料，無需固定或透膜

4、同時檢測胞膜和胞內抗原
對表面標志、胞內抗原、DNA含量可任意組合同時分析 。
染色步驟是：細胞表面標志--固定--細胞打孔--胞內抗原--DNA含量 。
需要認識到的是，用于固定和打孔試劑的多重影響，有些條件適合某一參數而對別的參數可能非常不合適。
每一步熒光染料的選擇與抗體的選擇一樣重要。對細胞表面標記來說，一種熒光染料一定不能被隨后的打孔方法或試劑所影響。對胞內抗原檢測來講，熒光素分子要足夠小，可以穿透打孔后的細胞。

5、單色標記
間接標記時，可選擇單色標記

6、多色標記
考慮熒光信號之間的干擾。
細胞補償、微球補償
一些聯合使用的抗體會彼此阻礙與各自抗原的結合，比如通過空間位阻。因此，抗體組合使用前要與單色抗體標記的結果做比較。