病毒純化和蛋白質純化都是生物制劑工程中常見的分離純化方法，但它們的對象不同，具體區別如下：

1.病毒純化與蛋白質純化對象不同。病毒純化的目標是將病毒從其它生物物質中進行分離和去除，以獲得單個且純凈的病毒顆粒，如用于疫苗生產的病毒載體，而蛋白質純化的目標是從生物體或來源中提取和純化單一或多種蛋白質，如酶、蠶絲素和飲料中的植物蛋白等。

2.病毒純化需要不同的處理方式。病毒由于結構上的特殊性，需要經過多種方式進行提取和純化，通常采用的是離心、超濾、沉淀、分層、純化和表征等方法。而蛋白質純化通常采用的是色譜層析、電泳、沉淀和凝膠等特定的分離方法。

3.純化手段不同。由于病毒粒子小而復雜，因此用于純化病毒的方法通常需要采用多種手段，如超離心、離心、過濾和分層等。而蛋白質純化的方法也是不同的，例如，利用離子交換和親和色譜等方法將目標蛋白質分離和純化出來。

4.純度或雜質的標準不同。病毒純化需要獲得極高的純度水平，以確保病毒質量和感染性，而對于蛋白質純化，可以根據其具體應用來標準純度水平。因此，在提取和純化病毒時，要求其完全純凈，而在純化蛋白質時，這種要求可以更靈活。