質譜儀種類很多，不同類型的質譜儀的主要差別在于離子源。離子源的不同決定了對被測樣品的不同要求，同時所得到信息也不同。因此，在進行質譜分析前，要根據樣品狀況和分析要求選擇合適的質譜儀。除了純化合物的結構解析可使用直接進樣分析外．一般藥物分析目前均采用色譜一質譜聯用技術，主要是：氣相色譜一質譜聯用儀和液相色譜一質譜聯用儀，現就這兩類儀器的分析方法敘述如下：

1．分析條件的選擇

(1)GC—MS分析條件的選擇

在GC—MS分析中，色譜的分離和質譜數據的采集是同時進行的。為了使每個組分都得到分離和鑒定，必須選擇合適的色譜和質譜分析條件。

色譜條件包括色譜柱類型，固定液種類，汽化溫度，載氣流量，分流比，溫升程序等。質譜條件包括電離電壓，電子電流，掃描速度，質量范圍，溶劑去除時間等。這些都要根據樣品情況進行設定。
(2)LC—MS分析條件的選擇

Lc分析條件的選擇要考慮兩個因素：使分析樣品得到zui佳分離條件并得到zui佳電離條件。如果二者發生矛盾，則要尋求折中條件。LC可選擇的條件主要有流動相的組成和流速。在LC和MS聯用的情況下，由于要考慮噴霧霧化和電離，因此，有些溶劑不適合于作流動相。不適合的溶劑和緩沖液包括無機酸、不揮發的鹽(如磷酸鹽)和表面活性劑。不揮發性的鹽會在離子源內析出結晶，而表面活性劑會抑制其它化合物電離。在LC—MS分析中常用的溶劑和緩沖液有水、甲醇、甲酸、乙酸、氫氧化銨和
乙酸銨等。對于選定的溶劑體系，通過調整溶劑比例和流量以實現好的分離。值得注意的是對于LC分離的zui佳流量，往往超過電噴霧允許的zui佳流量，此時需要采取柱后分流，以達到好的霧化效果。

質譜條件的選擇主要是為了改善霧化和電離狀況，提高靈敏度。調節霧化氣流量和干燥氣流量可以達到zui佳霧化條件，改變噴嘴電壓和透鏡電壓等可以得到zui佳靈敏度。對于多級質譜儀，還要調節碰撞氣流量和碰撞電壓及多級質譜的掃描條件。

在進行LC—MS分析時，樣品可以利用旋轉六通閥通過LC進樣，也可以利用注射泵直接進樣，樣品在電噴霧源或大氣壓化學電離源中被電離，經質譜掃描，由計算機可以采集到總離子色譜和質譜。

2．數據的采集

有機混合物經色譜柱分離后進人質譜儀離子源，在離子源被電離成離子。離子經質量分析器、檢測器之后即成為質譜儀信號，計算機采集到具有一定離子強度的質譜，并自動將每個質譜的所有離子強度相加，顯示出總離子強度，總離子強度隨時間變化的曲線就是總離子色譜圖，又稱總離子流色譜圖(total ion chromatogram，TIc)。總離子色譜圖的形狀和普通的色譜圖是相一致的。它可以認為是用質譜作為檢測器得到的色譜圖。

質譜儀掃描方式有兩種：全掃描和選擇離子掃描。全掃描是對指定質量范圍內的離子全部掃描并記錄，得到的是正常的質譜圖，這種質譜圖可以提供未知物的分子量和結構信息，并進行庫檢索。選擇離子監測(selec-t Ion monitoring，SIM)只對選定的離子進行檢測，而其它離子不被記錄，zui大優點：一是對離子進行選擇性檢測，只記錄特征的、感興趣的離子，不相關的干擾離子統統被排除；二是選定離子的檢測靈敏度大大提高。

由于選擇離子掃描只能檢測有限的幾個離子，不能得到完整的質譜圖，因此不能用來進行未知物定性分析。但是如果選定的離子有很好的特征性，也可以用來表示某種化合物的存在。選擇離子掃描方式zui主要的用途是定量分析，由于它的選擇性好，可以把由全掃描方式得到的非常復雜的總離子色譜圖變得十分簡單，消除其它組分造成的干擾。

需要指出的是，Lc—MS得到總離子色譜圖與由紫外檢測器得到的色譜圖可能不同。因為有些化合物沒有紫外吸收，用普通液相色譜分析不出峰，但用LC-MS分析時會出峰。由于電噴霧是一種軟電離源，通常很少或沒有砰片，譜圖中只有準分子離子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供結構信息，很難用來做定性分析。

為了得到未知化合物的結構信息，可使用串聯質譜儀，將準分子離子通過碰撞活化得到其子離子譜，然后解釋子離子譜來推斷結構。如果只有單級質譜儀，也可以通過源內CID得到一些結構信息。