微生物包括細菌、霉菌、真菌和藻類等，雖然大部分微生物都對人體無害，但是由細菌病毒引發的傳染病的發病率和病死率在所有疾病中占據第一位。微生物對人類最重要的影響之一是導致傳染病的流行，所以微生物的檢測十分重要。
常用的幾種微生物檢測方法：

1、瓊脂平板培養法

因培養基不同，瓊脂平板法分為選擇性培養基檢測法和顯色培養基檢測法。選擇性培養基是在培養基中加入選擇性抑制劑來抑制非目標微生物生長;顯色培養基是在培養基中加入細菌特異性酶的顯色底物，以菌落顏色區分目的菌落與非目的菌落。

2、顯微鏡鏡檢法

將待測樣品中的微生物富集后，于油鏡下直接計數。顯微鏡鏡檢法通常與瓊脂平板培養法結合使用，通過瓊脂平板培養法對菌落進行定性分析，再用顯微鏡進行定量計數。傳統檢測方法雖然對設備要求不高，技術含量也偏低，但耗時長，人工消耗量大，一般檢測實驗室可根據實際情況合理挑選檢測方法，無需拘泥于方法選擇的形式。

3、微生物測試片檢測技術

一般情況下，微生物測試片由印有網格的聚丙烯薄膜和覆蓋有培養基和顯色物質的聚乙烯薄膜組成。待測樣品經過處理后可直接接種在微生物測試片上，然后放置在適宜的溫度下培養——使固定在測試片上的顯色物質與待檢微生物生長產生的特異性酶發生顯色反應，形成有顏色的菌落，通過對這些菌落進行計數便可實現檢測。

測試片法菌落典型，易于判讀，且因其操作簡便、計數直觀，多數可縮短培養周期從而快速得到結果，而且人為操作環節較少，商品化程度高，避免了因人為因素造成誤差較大的缺點。

測試片法是最為成熟的食源性微生物快速檢測方法之一。對于一些熱敏感的細菌，由于測試片在整個操作過程中均處于常溫環境，可有效避免熱損傷，因此能夠提供更加精準的計數結果。測試片可分別檢測菌落總數、大腸菌群及大腸桿菌計數、霉菌和酵母計數、腸桿菌科計數、金黃色葡萄球菌和沙門氏菌等，且微生物測試片與傳統檢測方法之間的相關性非常好，均可達統計學上無顯著性差異。目前，因其快速簡便的特性，故已廣泛應用于我國食品行業和環境、過程及成品的檢測。