1. 直接法
直接法是熒光抗體技術最簡單、最基本的方法。它通過標記抗體直接與相應抗原（待檢抗原標本）結合，來鑒定未知抗原。
其優點為：
①由于在反應中只有兩種因子參與，結果判斷較簡單；
②特異性強，與其他抗原交叉染色較少；
③操作步驟少，方法簡便、省時。
其缺點有；
①敏感性較差；
②一種標記抗體只能鑒定一種抗原；
③不能用于鑒定未知抗體。


2. 間接法
間接法是目前最常用的方法。首先用已知未標記的抗體（第一抗體）與待檢抗原反應或用未知抗體與已知抗原反應，反應一定時間后，洗去未結合的抗體，再與標記的抗免疫球蛋白抗體（二抗）反應。在第一步反應中，若抗原抗體發生了反應，則抗體被固定在標本上，那么第二步反應中標記的抗體（二抗）必然與第一步反應形成的抗原抗體復合物中的抗體發生反應，這樣就可以通過二抗的示蹤，對標本中未知抗原或抗體進行鑒定。
其優點為；
①敏感性較高，是直接法的5-10倍；
②用一種標記的抗體，就能與一種以上的相應的抗體或抗原配合鑒定多種未知的抗原或抗體；
③既能鑒定未知抗原，又能鑒定未知抗體。
其缺點有
①在反應中有多種因子參與，容易產生非特異性染色，結果判斷有時較困難；
②操作步驟多，費時。


3. 雙標記法
雙標記法是用兩種熒光素（常用FITC和PE）分別標記特異性不同的抗體，用于檢測同一標本中的不同抗原。此法常用于細胞表面抗原和受體的研究。