蛋白質組（Proteome）的概念，蕞早由澳大利亞Macquarie大學的Wilkins和Williams于1994年首先提出的，是指一個基因組（Genome），或一個細胞、組織表達的所有蛋白質。
蛋白質組學（Proteomics）以細胞、組織或生物體全體蛋白質為研究對象，通過高通量的色譜質譜聯用技術檢測樣品所有蛋白質及其變化規律，包括蛋白質的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，利用生物信息技術從整體的角度獲得蛋白質水平上的關于疾病發生，細胞代謝等過程的變化，闡明生-理或病理條件下的變化機制。

蛋白質全譜和混合蛋白鑒定分析指的是對完整的組織、體液或其提取物混合蛋白的組分進行分析，目的在于鑒定出盡可能多的肽段和蛋白質分子。針對單一蛋白的鑒定，如考染及銀染的純化蛋白（不含戊二醛，戊二醛會與蛋白質發生不可逆交聯，嚴重影響質譜結果），對膠點或目的條帶進行鑒定。針對混合蛋白樣本，可以收集其蛋白溶液及泳道等，利用高效液相色譜-質譜聯用（ HPLC-MS/MS ）技術，完成對樣本的定性分析。


蛋白質組學鑒定流程
（1）樣本中蛋白質的提取與質控（是否能染色；條帶清晰；目的條帶準確）；
（2）蛋白樣品酶解成肽段；
（3）肽段進入液相質譜聯用儀，先在液相中預分離；再進入質譜；
（4）經過質譜質量分析器檢測器得到譜圖；
（5）譜圖信息經過數據庫比對，得到肽段和蛋白的信息；
（6）生成樣品鑒定結果。