微生物菌種菌劑有很多種分類，按微生物菌種菌劑中特定的微生物大致可以分為細菌、放線菌（比如抗生菌）、真菌（如菌根真菌類）、固氮藍藻菌等。當然，還可以按微生物菌種菌劑的作用機理等進行分類。

微生物菌種菌劑是一種含有活微生物的特定制品，以微生物生命活動的過程和產物來改善作物營養件，發揮土壤潛在肥力，刺激作物生長發育，抵抗各種病蟲害，從而提高作物產量和品質。它并不像一般的肥料那樣，可以直接給作物提供養料物質。
1、按微生物菌種菌劑制品內含物可分為單純的微生物菌劑和復合(或復混)微生物菌劑等.例如,鶴壁人元生物微生物菌劑屬于真菌菌劑,固氮類菌劑和復合微生物菌劑。

2、按微生物菌種菌劑制品中特定的微生物種類分為細菌菌劑、放線菌菌劑(如抗生菌類)、真菌菌劑(如菌根真菌類)、固氮藍藻菌劑等；

3、按微生物菌種菌劑作用機理分為根瘤菌類菌劑、固氮菌類菌劑、解磷菌類菌劑、解鉀菌類菌劑；

微生物菌劑的作用主要是與營養元素的來源和有效性有關,或與作物吸收營養、水分和抗病有關,總的來說以下幾個方面：

1、增進土壤肥力：這是微生物菌劑的主要功效，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和保護植物根免受病原微生物的入侵和土壤顆粒的損失。

2、制造和協助農作物吸收營養。

3、增強植物抗病和抗旱能力。

微生物菌種菌劑在作物生長所需的養分有著舉足輕重的地位，不僅為作物提供了生長所需的各種養分，微生物菌種菌劑也起到了抵抗病蟲害的作用。