目前，針對分子生物學實驗有多種技術方法，那么我們該如何判斷選擇哪種方法適合呢？我們需要去了解實驗方法的特性。無非就是用某種特定的刺激物（如細胞活素）去刺激一些細胞或組織，讓它們high起來，然后分析細胞對這些外源刺激物的反應，檢測細胞內哪條信號通路被激活或失活，或者什么蛋白被分泌出來。每一種實驗方法都有它的特性，下面就以下幾種方法做介紹：

什么時候用免疫印跡實驗？

免疫印跡實驗（Western Blot，WB）可檢測信號通路中某種蛋白質的特性、表達和分布，分析容量大、敏感度高、特異性強。建立蛋白質的個人檔案

但至于蛋白-蛋白相互作用則要用另一種更復雜的方法，即免疫共沉淀法（Co-immunoprecipitation，Co-IP），它接近細胞內的生理情況，是以成為經典方法。

什么時候用表面等離子體共振？

表面等離子共振（Surface Plasmon Resonance，SPR）除了研究蛋白-蛋白相互作用（例如受體-配體相互作用），還有可研究小分子-蛋白或細胞-蛋白的相互作用。這種方法不需要標記蛋白（熒光標記或同位素標記），還可以實時定量分析這些相互作用的親和力、熱力學、動力學特性。SPR是分析動力學和親和力的金標準。

什么時候用電泳遷移率實驗？

電泳遷移率實驗（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）最初用于檢測DNA結合蛋白與相應的DNA序列結合的情況，可做定性和定量分析，包括細胞核中的轉錄因子（如NF-kB ）的活性等等，現在也常用于研究RNA結合蛋白和相應的RNA序列相互作用。

這些分析用酶聯免疫吸附實驗（EenzymeLinked ImmunosorbentAssay，ELISA）也可以做，原理差不多。

什么時候用聚合酶鏈式反應？

PCR（Polymerase Chain Reaction）或Real Time PCR可以把特定的DNA序列大幅擴增，便于檢測活性基因的表達情況。而且PCR用途很廣。

什么時候用酶聯免疫吸附劑測定？

酶聯免疫吸附測定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）如果要看看細胞外如何，比如細胞培養上清液或體液中的某種蛋白質分泌情況，則通常選用ELISA，從而獲知相應基因的活性。