PCR儀器不是一種計量儀器，其主要作用原理與基本計量要素密切相關，要求較高，一旦失控，儀器將不能正常工作，所以PCR儀器也需要定期檢測和維護，這對依賴自然風降溫的PCR儀器尤為重要。

下面介紹一些具體的保養維護方法：
1．樣品池的清洗先打開蓋子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體；打開PCR儀，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除。一般5～10min即可。
2．熱蓋的清洗對于熒光定量PCR儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
3．儀器外表面的清洗清洗儀器的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果。選擇沒有腐蝕性的清洗劑對PCR儀的外表面進行清洗。
4．更換保險絲先將PCR儀關機，拔去插頭，打開電源插口旁邊的保險盒，換上備用的保險絲，觀察是否恢復正常。

在儀器的維護保養中，需要注意以下問題：
1）PCR儀器需要定期檢測，視制冷方式而定一般半年至少一次。
2）PCR反應的要求溫度與實際分布的反應溫度是不一致的，當檢測發現各孔平均溫度差偏離設置溫度大于1～2℃時，可以運用溫度修正法糾正PCR實際反應溫度差。
3）PCR反應過程的關鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當PCR儀的降溫過程超過60s，就應該檢查儀器的制冷系統，對風冷制冷的PCR儀要較徹底地清理反應底座的灰塵；對其他制冷系統應檢查相關的制冷部件。
4）一般情況如能采用溫度修正法糾正儀器的溫度時，不要輕易打開或調整儀器的電子控制部件，必要時要請專業人員修理或利用儀器電子線路詳細圖紙進行維修。