理論知識點看了千千萬，但是還是容易混淆概念傻傻分不清IP，Co-IP，GST-Pull Down，本文我們不止放送有IP與Co-IP區別知識要點，而且也將研究蛋白互作幾種方法（酵母雙雜交系統（Y2H），CO-IP的關系，GST-Pull Down）之間的區別以及優缺點簡明扼要的收納進來，看了這篇文章你還不能區分IP，Co-IP，GST-Pull Down你就來打我。話不多說，看下文：

獨角戲——IP: 眾里尋她千百度——酵母雙雜交系統（Y2H）：

酵母雙雜交系統的建立是基于對真核生物轉錄調控過程的認識。真核生物中基因轉錄需要轉錄激活因子的參與，真核生物的轉錄激活因子含有兩個不同的結構域：DNA 結合結構域（DNA binding domain，DNA-BD）和DNA轉錄激活結構域（Activation domain，AD），這兩個結構域可以獨立分開，功能互不影響。BD和AD分別單獨作用并不能激活轉錄反應，只有當二者在空間上充分接近時，才呈現完整的轉錄激活因子活性，使下游基因得到轉錄。根據這一原理，可設計酵母雙雜交系統。

將兩待研究蛋白（蛋白 X 與蛋白 Y）分別與 BD、AD 結構域構建融合質粒。將構建好的兩個質粒轉入同一酵母細胞中表達，如果兩蛋白之間不存在相互作用，則下游基因（報告基因）不會轉錄表達；如果兩個蛋白間存在相互作用，則BD與AD兩結構域空間上很接近，從而下游基因（報告基因）得以轉錄。通過報告基因表達與否，即可判斷兩蛋白之間是否存在相互作用。

通常在現實情況中，與蛋白X存在潛在互作可能的候選蛋白會有好幾種（Y，Z，A，B等），這時我們就可以通過酵母雙雜交在體內篩選與X有相互作用的蛋白Y。
遇見愛情——Co-IP：

竟然我們在體內驗證過，那么蛋白X和蛋白Y在體外是否也存在相互作用了？這個時候我們可以用到Co-IP了~

免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation，Co-IP）的原理和IP是一樣的，當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質-蛋白質相互作用被保留了下來，假如細胞內存在 XY 蛋白復合物，用 X（X也稱為誘餌蛋白）的抗體免疫沉淀 X，那么與

X 在體內結合的蛋白質 Y（Y也稱為靶蛋白）也被沉淀下來。因此在細胞裂解液中加入 X 的抗體沉淀蛋白X，隨后利用蛋白印跡（western blot，WB）檢測沉淀中是否存在蛋白 Y，如果存在，則說明細胞內存在XY蛋白復合物，即蛋白XY存在相互作用。（在體外驗證X和Y之間有聯系）

在我們用酵母雙雜交和Ｃo-IP雙保險驗證X和Y之間確實存在相互作用后，我們發現酵母雙雜交和Ｃo-IP的結果都只能說明X和Y之間有相互作用，但并不能確定這種相互作用是直接的還是間接的，這個時候存在兩種可能：

X與Y之間存在直接的相互作用（X和Y自由戀愛一見鐘情）

也就是說也許是X與M相互作用，而Y也和M相互作用，這樣，用A的抗體可以把M拉下來，但同時M又把B也拉下來了（X和Y是通過他們共同的朋友M介紹才認識然后在一起的）

要想準確確定X和Y直接的作用到底是直接的還是間接的了，這個時候我們需要祭出我們大boss——GST-Pull Down實驗~

GST-Pull Down：GST-Pull down實驗是一個行之有效的驗證酵母雙雜交系統的體外試驗技術, 近年來越來越受到廣大學者的青睞。

原理：將靶蛋白和GST組成的融合蛋白固定在谷胱甘肽（GSH）親和樹脂上，作為與目的蛋白親和支撐物,充當一種“誘餌蛋白”，目的蛋白溶液過柱，可從中捕獲與之相互作用的“捕獲蛋白”(目的蛋白)，洗脫結合物后通過SDS-PAGE電泳分析，從而證實兩種蛋白間的相互作用或篩選相應的目的蛋白，“誘餌蛋白”和“捕獲蛋白”均可通過細胞裂解物、純化的蛋白、表達系統以及體外轉錄翻譯系統等方法獲得，此方法簡單易行，操作方便。