標準菌株
亦稱模式菌株，在給某細菌定名，分類作記載和發表時，為了使定名準確和作為分類概念的準則，以純粹活菌（可繁殖）狀態所保存的菌種。相當于動植物分類中的模式標本。在進行細菌等的分類和鑒定時，生理學和生物化學特性十分重要，但若就這些性質進行試驗，就必須應用許多純分離的新細胞。

因此，作為分類標準的菌種，也有必要進行純粹分離，并以活菌（可以分裂）狀態保存。在標準菌種中，對于從作過原始記載的作者實際分離或應用的菌株，通過營養繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標準菌株。此外，當原作者使用復數菌株，以后的研究者選擇其中之一作為最適當的菌株時，稱該菌種為選定標準菌株。

當原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，記載后，確認可以作為國際上正標準菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時，必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發生變異。最常用的保存方法是凍結干燥法。模式菌株應由適當的菌種保存機構保存。

派生菌株
從技術角度來講，標準菌株都是從國家認可的機構或者國外菌種保藏機構購買得到的，為0代菌種的凍干粉，在使用前需要進行復蘇、傳代、鑒定和保藏等工作，并且在使用前需要提前一天進行活化，需要梯度稀釋后對其進行計數定量。

而商業派生菌株則是由標準菌株派生出來的，通常為凍干形式，一般是3~5代菌種，它的特點是不需要進行活化、傳代、鑒定和保藏，即得即用，無需進行提前活化和梯度稀釋，按照廠家提供的說明書操作即可得到所需數量的菌液，大大節省了微生物實驗室工作人員的工作負擔。

從文件管理方面來講，使用標準菌株時，從標準菌株到標準儲備菌株，再到工作菌株，這一系列的使用過程均應有相應的程序文件和記錄，相關的人員一定要進行必要的培訓，具備齊全的培訓記錄；而使用商業派生菌株則只需要由生產廠家提供質檢報告和溯源性報告，保證其與標準菌株所有相關特性等效，同時保證其可溯源性。

除此之外，與商業派生菌株相比，標準菌株的使用過程中對于硬件設施及耗材的投入相對較大，成本也并不比商業派生菌株低。

在微生物檢驗領域，商業派生菌株的應用范圍和標準菌株并無明顯區別，可用于藥檢中的靈敏度試驗、促生長試驗、無菌檢查、培養基適用性檢查、控制菌檢查等；食品檢驗的定量、定性對照、培養基質控等；化妝品微生物檢驗質量控制。

質控菌株

本質上是標準菌株的商業衍生產品，其應有可靠的溯源證明追溯至其使用的標準菌株來源，在微生物實驗室僅可作為工作菌株進行使用，在使用前也應進行特性和純度的確認。
質控菌種基本上分為兩類：

第一種滿足低濃度接種量的要求，細菌含量一般小于100cfu，這是各種微生物培養基促生長試驗、微生物陽性對照試驗的接種量要求，無菌工藝模擬試驗中培養基的靈敏度檢測、無菌或微生物限度檢查實驗方法驗證等。

為了滿足高濃度接種的需要，其他種類的細菌含量一般為105-106cfu。是對防腐劑、抑菌劑、消毒劑等抗菌活性物質功效的試驗或挑戰性試驗。這種實驗對對數滴的微生物有統計要求，因此需要相對高濃度的細菌溶液。

質控菌種的優勢：
1、精確的CFU已知應變個數降低實驗失敗率
這個優勢真的很棒。實驗室至少需要3-6個月的時間，才能建立穩定的各種菌株的稀釋定量方法。培養人員有效實施該方法需要3個月的時間。購買菌株的原始情況不同。即使同一菌株、同一復蘇方法、培養條件、培養時間、同一稀釋方法各不相同，但稀釋的細菌數量仍不相同。

每一個微生物實驗室必須在同一天對供試品進行稀釋和添加后，發現第二天的計數結果超標，或第二天在冰箱中取出的菌液中的菌株全部死亡，沒有陽性反應，這些實驗都需要重做，如果是原料試驗或成品試驗，很難解釋，因此質量控制菌菌株的穩定、定量特性對實驗室具有重要意義，大大提高了微生物實驗的成功率。

2、質控菌種的CFU數量穩定，減少了樣品之間的差異
這在各種微生物檢驗中非常有用，因為需要對各種樣品進行比較。如果加菌量相差較小，則評價結果更為準確。例如，試驗樣品陽性的實際添加量為10 CFU，陽性對照的實際添加量為90 CFU。雖然它們都滿足<100cfu的要求，但終微生物生長的判斷會帶來一些問題。
如果只看無菌試驗中菌株的生長情況，可能對弱生長和好生長有不同的判斷，也可能影響定量試驗的回收率。但如果我們使用質控菌種，我們可以更準確地判斷結果，避免此類問題。

3、大大縮短實驗準備時間，使用方便，降低成本
傳統的菌種實驗需要經過菌種回收、培養、稀釋等過程，還需要準備培養基和消耗品配合實驗。例如，黑曲霉的培養需要5-7天，加上實驗，至少在制備前7天。
但質控菌種實驗只需要無菌水和具有一定無菌操作能力的人員加上使用移液槍的能力普通實驗室人員可以勝任對實驗中難以控制的菌株如銅綠假單胞菌和黑曲霉的控制。另一方面，也可以降低人員成本。