western blot中分離膠濃度的選擇取決于目的蛋白分子量 不同的分離膠濃度對(duì)不同的目的蛋白分子量的分辨率不一樣，比如15%的分離膠更適合45kDa的分目的蛋白，而10%的分離膠更適合70kDa的目的蛋白而因?yàn)閣estern blot的膜應(yīng)該是完全覆蓋SDS PAGE的凝膠，所以不用太擔(dān)心條帶在凝膠上位置偏上活偏下 所以western blot中分離膠濃度的選擇取決于目的蛋白分子量 如果以溴酚藍(lán)跑到膠的底部為準(zhǔn),26kD在10%的由下往上1/4的地方,而15%就在由下往上大約1/2（不太確定）的地方,對(duì)于分子量比較小的蛋白,當(dāng)然是膠的濃度越大,分離效果越好.但是你必須考慮到,膠的孔徑一旦小于蛋白-SDS復(fù)合體的直徑,分子量大于這個(gè)蛋白的所有蛋白仍然不能有好的分離效果.如果孔徑太大,所有蛋白都跑得那么快,也是分不開的.

所以,關(guān)鍵是看這個(gè)分子量附近的蛋白,比如±5kD以內(nèi)的所有蛋白,在不同濃度的膠中的速度差要盡可能達(dá)到最大,假設(shè)是對(duì)數(shù)正態(tài)分布,那么方差要足夠大,才會(huì)有較好的分離效果.另一方面,蛋白跑的路程越大,也越能和附近的蛋白分開.

建議：溴酚藍(lán)跑到底,而目標(biāo)蛋白正好在整塊膠的1/2的地方,分離的效果時(shí)最好的。