(一)堿裂解法提取質粒

[實驗原理]
堿裂解法提取質粒是根據共價閉合環狀質粒DNA與線性染色體DNA在拓撲學上的差異來分離它們。在pH值介于12.0~12.5這個狹窄的范圍內,線性的DNA雙螺旋結構解開而被變性,盡管在這樣的條件下,共價閉環質粒DNA的氫鍵會被斷裂,但兩條互補鏈彼此相互盤繞,仍會緊密地結合在一起。當加入pH4.8的乙酸鉀高鹽緩沖液恢復Ph至中性時，共價閉合環狀質粒DNA的兩條互補鏈仍保持在一起，因此復性迅速而準確，在而線性的染色體DNA的兩條互補鏈彼此已完全分開，復性就不會那么迅速而準確，它們纏繞形成網狀結構，通過離心，染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質-SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。

[實驗儀器與設備]
1.恒溫培養箱 2.恒溫搖床
3.臺式離心機(最大轉速4000rpm) 4.冷凍高速離心機
5.高壓滅菌鍋 6.超凈工作臺
7.微量移液器 8.eppendorf tupe、tip

[實驗材料]
1.葡萄糖 2.三羥甲基氨基甲烷(Tris)
3.乙二胺四乙酸(EDTA) 4.氫氧化鈉
5.十二烷基硫酸鈉(SDS) 6.乙酸鉀
7.冰乙酸 8.氯仿
9.乙醇 10.胰RNA酶
11.氨芐青霉素 12.蔗糖
13.溴酚藍 14.酚
15.β巰基乙醇 16.鹽酸
17.含pUC18質粒的大腸桿菌
附：試劑的配制

1.溶液Ⅰ
50mmol/L 葡萄糖
5mmol/L 三羥甲基氨基甲烷(Tris) Tris·HCl (pH8.0)
10mmol/L 乙二胺四乙酸(EDTA)(pH8.0)
2.溶液Ⅱ
0.4 mol/L NaOH, 2%SDS, 用前等體積混合
3.溶液Ⅲ
5mmol/L 乙酸鉀 60 ml
冰乙酸 11.5 ml
水 28.5 ml
4.TE緩沖液
10mmol/L Tris·HCl
1 mmol/L EDTA(pH8.0)
5.70%乙醇(放-20℃冰箱中,用后即放回)
6.胰RNA酶
將RNA酶溶于10mmol/L Tris·HCl(pH7.5)、15mmol/L NaCl中，配成10mg/ml的濃度，于100℃加熱15min,緩慢冷卻至室溫，保存于-20℃。
7.終止液:40%蔗糖、0.25%溴藍酚
8.酚

[實驗步驟]

(一) 提取質粒
1.將2ml含相應抗生素的LB液體培養基加入到試管中，接入含質粒的大腸桿菌，37℃振蕩培養過夜。
2.取1.5ml培養物倒入微量離心管中，4000rpm，離心2min。
3.吸去培養液，使細胞沉淀盡可能干燥。
4.將細菌沉淀懸浮于100μl溶液Ⅰ中，充分混勻，室溫放置10 min。
5.加200μl溶液Ⅱ(新鮮配制)，混勻內容物，將離心管放冰上5 min。
6.加入150μl溶液Ⅲ(冰上預冷)，蓋緊管口，顛倒數次使混勻。
7.1200rpm，離心15 min，將上清轉至另一離心管中。
8.向上清中加入等體積酚：氯仿(去蛋白)，反復混勻，12000rpm，離心5min,將上清轉移到另一離心管中.
9.向上清加入2倍體積乙醇,混勻后,室溫放置5-10min。12000rpm離心5min。倒去上清液，把離心管倒扣在吸水紙上，吸干液體。
10.用1ml70%乙醇洗滌質粒DNA沉淀，振蕩并離心，倒去上清液，真空抽干或空氣中干燥。
11.加50μl TE緩沖液，其中含有20μg/ml的胰RNA酶，使DNA完全溶解，-20℃保存。

(二)瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA

[實驗原理]
瓊脂糖凝膠電泳是分離鑒定和純化DNA片段的常用方法。DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時有電荷效應和分子篩效應，DNA分子在高于等電點的pH溶液中帶負電荷，在電場中向正極移動。由于糖磷酸骨架在結構上的重復性質，相同數量的雙鏈DNA幾乎具有等量的凈電荷，因此它們能以同樣的速度向正極方向移動。不同濃度瓊脂糖凝膠可以分離從200bp至50kb的DNA片段。在瓊脂糖溶液中加入低濃度的溴化乙錠(ethidum bromide ,EB)，在紫外光下可以檢出 10ng的DNA條帶，在電場中，pH8.0條件下，凝膠中帶負電荷的DNA向陽極遷移。
瓊脂糖凝膠有如下特點：
(1) DNA的分子大小 在凝膠基質中其遷移速率與堿基對數目的常用對數值成反比，分子越大遷移得越慢。
(2) 瓊脂糖濃度 一個特定大小的線形DNA分子,其遷移速度在不同濃度的瓊脂糖凝膠中各不相同。DNA電泳遷移率(u)的對數與凝膠濃度(t)成線性關系。
(3) 電壓 低電壓時，線狀DNA片段遷移速率與所加電壓成正比。但是隨著電場強度的增加，不同分子量DNA片段的遷移率將以不同的幅度增長，隨著電壓的增加，瓊脂糖凝膠的有效分離范圍將縮小。要使大于2kb的DNA片段的分辨率達到最大，所加電壓不得超過5v/cm。
(4) 電泳溫度 DNA在瓊脂糖凝膠電泳中的電泳行為受電泳時的溫度影響不明顯，不同大小的DNA片段其相對遷移速率在4℃與30℃之間不發生明顯改變，但濃度低于0.5%的凝膠或低熔點凝膠較為脆弱，最好在4℃條件下電泳。
(5) 嵌入染料 熒光染料溴化乙錠用于檢測瓊脂糖凝膠中的DNA，染料嵌入到堆積的堿基對間并拉長線狀和帶缺口的環狀DNA,使其剛性更強,還會使線狀遷移率降低15%。
(6) 離子強度 電泳緩沖液的組成及其離子強度影響DNA電泳遷移率。在沒有離子存在時(如誤用蒸餾水配制凝膠，電導率最小，DNA幾乎不移動，在高離子強度的緩沖液中(如誤加10×電泳緩沖液)，則電導很高并明顯產熱，嚴重時會引起凝膠熔化。
對于天然的雙鏈，常用的幾種電泳緩沖液有TAE、TBE等，一般配制成濃縮母液，室溫保存，用時稀釋。

[實驗儀器與設備]
1. 恒溫培養箱
2. 瓊脂糖凝膠電泳系統
3. 高壓滅菌鍋
4. 紫外線透射儀

[實驗材料]
1.三羥甲基氨基甲烷(Tris) 2.硼酸
3.乙二胺四乙酸(EDTA) 4.溴酚藍
5.蔗糖 6.瓊脂糖
7.溴化乙錠 8.DNA marker
9.DNA樣品

[實驗步驟]
1.緩沖液的配制
① 5×TBE(5倍體積的TBE貯存液)
配1000ml 5×TBE:
Tris 54g
硼酸 27.5g
0.5mol/l EDTA 20ml
Ph8.0
② 凝膠加樣緩沖液(6×)
溴酚藍 0.25%
蔗糖 40%
③溴化乙錠溶液(EB) 0.5μg/ml

2.制備瓊脂糖凝膠
按照被分離DNA的大小,決定凝膠中瓊脂糖的百分含量。可參照下表：
瓊脂糖凝膠濃度 線性DNA的有效分離范圍
0.3% 5-60 kb
0.6% 1-20 kb
0.7% 0.8-10 kb
0.9% 0.5-7 kb
1.2% 0.4-6 kb
1.5% 0.2-4 kb
2.0% 0.1-3 kb

3.膠板的制備
(1) 用高壓滅菌指示紙帶將洗靜、干燥的玻璃板的邊緣(或電泳裝置所皿備的塑料盤的開口)封住，形成一個膠膜(將膠膜放在工作臺的水平位置上，用水平儀校正)。
(2) 配制足夠用于灌滿電泳槽和制備凝膠所需的電泳緩沖液(1×TBE)。準確稱量的瓊脂糖粉。緩沖液不宜超過錐瓶或玻璃瓶的50%容量。 在電泳槽和凝膠中務必使用同一批次的電泳緩沖液，離子強度或pH值的微小差異會在凝膠中形成前沿，從而大大影響DNA片段的遷移率 。
(3) 在錐瓶的瓶頸上松松地包上一層厚紙。如用玻璃瓶，瓶蓋須擰松。在沸水浴或微波爐中將懸浮加熱至瓊脂糖溶解。注意：瓊脂糖溶液若在微波爐里加熱過長時間，溶液將過熱并暴沸。應核對溶液的體積在煮沸過程中是否由于蒸發而減少，必要時用緩沖液補充。
(4) 使溶液冷卻至60℃。加入溴化乙錠(用水配制成10mg/ml的貯存液)到終濃度為0.5ug/ml，充分混勻。
(5) 用移液器吸取少量瓊脂糖溶液封固膠模邊緣，凝固后，在距離底板0.5-10mm的位置上放置梳子，以便加入瓊脂糖后可以形成完好的加樣孔。如果梳子距玻璃板太近，則拔出梳子時孔底將有破裂的危險，破裂后會使樣品從玻璃板之間滲透。
(6)將剩余的溫熱瓊脂糖溶液倒入膠模中。凝膠的厚度在3-5mm之間。檢查一下梳子的齒下或齒間是否有氣泡。
(7)在凝膠完全凝固后(于室溫放置30-45分鐘) ，小心移去梳子和高壓滅菌紙帶，將凝膠放入電泳槽中。
低熔點瓊脂糖凝膠及濃度低于0.5%的瓊脂糖凝膠應冷卻至4℃，并在冷庫中電泳。
(8)加入恰好沒過膠面約1mm深的足量電泳緩沖液。

4.加樣
DNA樣品與所需加樣緩沖液混合后，用微量移液器，慢慢將混合物加至樣品槽中。此時凝膠已浸沒在緩沖液中。 一個加樣孔的最大加樣量依據DNA的數量及大小而定，一般為20-30μl樣品。
已知大小的DNA標準，應同時加在凝膠的左凝膠的左側和右側孔內。確定未知DNA的大小。測量未知DNA的大小時，要所有樣品都用相同的樣品緩沖液。

5.電泳
在低電壓條件下,線形DNA片段的遷移速度與電壓成比例關系,但是,在電場增加時,不同相對分子質量的DNA片段泳動度的增加是有差別的。因此，隨著電壓的增加，瓊脂糖凝膠的有效分離范圍隨之減小。為了獲得電泳分離DNA片段的最大分辨率，電場強度不應高于5V/cm。當溴酚藍指示劑移到到距離膠板下沿約1-2cm處，停止電泳。