1．生化鑒定

是細菌鑒定中最重要的一種，主要是借助細菌對營養物質分解能力的不同及其代謝產物的差異對細菌進行鑒定，包括蛋白質分解產物試驗、觸酶試驗、糖分解產物試驗、氧化酶試驗、凝固酶試驗等。

2．血清學鑒定

適用于含較多血清型的細菌，常用方法是玻片凝集試驗，并可用免疫熒光法、協同凝集試驗、對流免疫電泳、間接血凝試驗、酶聯免疫吸附試驗等方法快速、靈敏地檢測樣本中致病菌的特異性抗原。用已知抗體檢測未知抗原（待檢測的細菌），或用已知抗原檢測患者血清中的相應抗細菌抗體及其效價。血清學鑒定操作簡單快速，特異性高，可在生化鑒定基礎上為細菌鑒定提供確定診斷。

3．分子生物學檢測

適用于人工培養基不能生長、生長緩慢及營養要求高不易培養的細菌，檢測方法包括核酸擴增技術、核酸雜交、生物芯片及基因測序等。常見的核酸擴增技術有聚合酶鏈反應、連接酶鏈反應等，主要用于耐甲氧西林、結核分枝桿菌等病原菌的檢測。核酸雜交有斑點雜交、原位雜交等，用于致病性大腸埃希菌、沙門菌、空腸彎曲菌等致病菌的檢測。生物芯片包括基因芯片和蛋白質芯片，主要是對基因、蛋白質、細胞及其他生物進行大信息量分析的檢測技術。

4．微生物自動鑒定系統鑒定

可快速、準確地對臨床近千種常見分離菌進行鑒定，目前已在臨床實驗室廣泛使用。其中，細菌16S rRNA編碼基因已成為較理想的基因分離靶序列，逐漸成為臨床細菌鑒定、分離的金標準。

5．質譜技術

是近年來發展起來的一種新型的軟電離生物質譜，用于分析細菌的化學分類和鑒定，具有高靈敏度和高質量檢測范圍的優點。主要是對核酸、蛋白質、多肽等生物大分子串聯質譜進行分析。