緩沖液在電泳過程中的一個作用是維持合適的pH。電泳時正極與負極都會發生電解反應，正極發生的是氧化反應（4OH--4e->2H2O+O2)，負極發生的是還原反應（4H++4e->2H2)，長時間的電泳將使正極變酸，負極變堿。一個好的緩沖系統應有較強的緩沖能力，是溶液兩極的pH保持基本不變。

電泳緩沖液的另一個作用是使溶液具有一定的導電性，以利于DNA分子的遷移，例如，一般電泳緩沖液中應含有0.01-0.04mol/L的Na+離子，Na+離子的濃度太低時電泳速度變慢；太高時就會造成過大的電流使膠發熱甚至熔化。

電泳緩沖液還有一個組分是EDTA，加入濃度為1-2mmol/L，目的是螯合Mg2+ 等離子，防止電泳時激活 DNA酶，此外還可防止Mg2+離子與核酸生成沉淀。

TAE是使用最廣泛的緩沖系統。其特點是超螺旋在其中電泳時更符合實際相對分子質量（TBE中電泳時測出的相對分子質量會大于實際分子質量），且雙鏈線狀DNA在其中的遷移率較其他兩種緩沖液快約10%，電泳大于13kb的片段時用TAE緩沖液將取得更好的分離效果，此外，回收DNA片段時也易用TAE緩沖系統進行電泳。TAE的缺點是緩沖容量小，長時間電泳（如過夜）不可選用，除非有循環裝置使兩極的緩沖液得到交換。

TBE的特點是緩沖能力強，長時間電泳時可選用TBE，并且當用于電泳小于1kb的片段時分離效果更好。TBE用于瓊脂糖凝膠時易造成高電滲作用，并且因與瓊脂糖相互作用生成非共價結合的四羥基硼酸鹽復合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收電泳中使用。

TPE的緩沖能力也較強，但由于磷酸鹽易在乙醇沉淀過程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的電泳中使用。