三種染色方式下四種核酸染料的靈敏度比較
2020-05-12 11:21 作者:洛辰 來源:上海遠慕生物試劑
1.3.2 染樣品法 同時制備四塊不加染料的1%瓊脂糖凝膠。待凝膠冷卻凝固后,放入同一電泳槽中。將分別將0.5 ng、1 ng、2 ng、5 ng、10 ng、20 ng及50 ng的DL 15 000+2 000與4種染料混合,避光10 min.然后于不同泳道中加入。使用5V/cm的電壓進行電泳,最后用凝膠成像系統觀察拍照。
1.3.3 后染法 同時制備四塊不加染料的1%瓊脂糖凝膠。待凝膠冷卻凝固后,放入同一電泳槽中。于不同泳道中分別加入0.5 ng、1 ng、2 ng、5 ng、10 ng、20 ng及50 ng的DL 15 000+2 000.使用5V/cm的電壓進行電泳。電泳后將凝膠分別浸入用1×TAE稀釋的4種不同染液中。按照說明書要求,GoldViewna II、GoldView、DNA Green及EB避光染色的時間分別為60 min、30 min、30 min、30 min.DNA Green染色完畢后還需用1×TAE脫色30 min.最后用凝膠成像系統觀察拍照。
2 結果與分析
2.1 染膠法
染膠法的結果表明四種染料使用該法的靈敏度均最高,其中GoldViewna II能檢測到的DNA含量約為0.5 ng;EB能檢測到的DNA含量約為1 ng;GoldView與DNA Green能檢測到的DNA含量約為2 ng.
2.2 后染法
后染法的結果表明四種染料使用該法的靈敏度低于染膠法。其中GoldViewna II能檢測到的DNA含量約為1ng;EB能檢測到的DNA含量約為2 ng;DNA Green與GoldView能檢測到的DNA含量約為5 ng.圖2 使用后染法比較4種核酸染料染色DNA的靈敏度
2.3 染樣品法
染樣品法的結果表明四種染料使用該法的靈敏度最低。其中GoldViewna II能檢測到的DNA含量約為2 ng;EB與DNA Green能檢測到的DNA含量約為5 ng、GoldView能檢測到的DNA含量約為10 ng.
3 討論
GoldViewna II是國內近年來推出的新型核酸染料,與SYBR Green I同屬花青類染料。SYBR Green I是幾年前推出的一種高靈敏度[3]且不具有強致突變性[4]的核酸染料,但由于其高昂的價格限制了它的廣泛使用。上述實驗表明GoldViewna II的靈敏度高,同時具有花青類染料不具強致突變性的優點,價格也比SYBR Green I便宜數倍。雖然其穩定性不如EB[3]且反復凍融效果變差,但只需要-20℃避光保存和分裝使用即可。
DNA Green是國內最近才推出的新型核酸染料。它的靈敏度與EB相當但背景略高于EB,但該染料的價格比GoldViewna II還便宜且穩定性比較好,4℃避光保存即可。
GoldView是國內較早使用的新型核酸染料,它的靈敏度比EB略低且背景太高。不適合做微量的DNA檢測。但該染料穩定性也比較好,4℃避光保存即可,價格是這三種染料中最便宜的。
這些新型核酸染料均可替代EB廣泛使用,從而減少大量使用EB對人體的危害和對環境的污染。使用者可以根據自己的需要選擇合適的染料。
染色方法比較可以看出:染膠法的檢測靈敏度最高;后染法的檢測靈敏次之;染樣品法的檢測靈敏度最低,不適合做微量DNA檢測。此外,后染法用于新型核酸染料很不合適。花青類染料用于后染法需要將染料用1×的電泳緩沖液稀釋到聚丙烯容器中,在避光條件下該溶液最多可以在24小時內被使用且染2~3塊凝膠后其靈敏度會降低,結果略。這樣的結果導致染料的巨大消耗,成本太高。DNA Green用于后染的工作濃度為10×,也就是染料用量提高10倍即成本增加10倍,而且在染色半小時后,由于其高背景還需要脫色半小時,延長了實驗時間。既往有研究推薦使用后染法的原因是染色的DNA帶型平直不扭曲[2]。我們的實踐經驗得出,電泳時控制合適的電壓和上樣量,新型核酸染料使用染膠法也能達到同樣效果。故使用新型核酸染料染色DNA時推薦采用染膠法。