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游離核酸抽提方法選擇指引

2020-07-02 10:38 作者:洛辰 來源:上海遠慕生物試劑

人體細胞在凋亡的過程中,DNA斷裂并分泌至細胞外。健康細胞,胎兒細胞,腫瘤細胞以及移植的細胞都可以通過這種方式釋放游離DNA至血液中。同時cfDNA(cell-free DNA) 是腫瘤和產前診斷研究中,被證實有用的標記物。

隨著液體活檢技術的不斷發展,對這些的游離核酸檢測有望成為替代組織活檢的重要方法。大家比較熟悉的游離核酸檢測手段有定量PCR、NGS等傳統方法和正在迅猛發展的數字PCR。

但cfDNA在體液中的含量非常低,通常血清中含量低于10ng/mL。 如何從含量如此低的樣本中,抽提出適合檢測手段的游離核酸?

液體活檢技術的興起,使得游離核酸樣本的數量大增,高通量形式的核酸抽提成為了工作者們的追求,如何低成本解決通量問題?

那就從下方的描述中找到適合您的游離核酸抽提方式吧。

市面上的游離核酸抽提試劑盒大多是基于柱膜法的原理、還有一部分是基于磁珠法的抽提原理。有單管離心、多管真空抽濾、96孔板真空抽濾、磁珠法高通量等形式。*常用的為多管真空抽濾的方式。

多管真空抽濾

采用真空抽濾的方法,在真空抽濾裝置上,可同時提取24個1-10mL血清、血漿、尿液等樣本, 結合&洗滌過程無需使用離心機。大多客戶用此方法來抽提2-4mL血漿,得到的游離核酸用于后續的PCR、NGS、甲基化研究。整個抽提過程需要約45min-3h不等,具體的操作時間要根據使用的品牌來定。

 

應用數據:

從5mL EDTA血漿中純化cfDNA
NucleoSnap? DNA Plasma kit 和競爭對手(Competitor Q)比較結果

從Cell-Free DNA BCT? (Streck)提取cfDNA
 3個不同Cell-free DNA BCT? 保存的樣品,分別使用 NucleoSnap? DNA Plasma (MN) 和a vacuum-processed kit of a competitor (Q)提取cfDNA.使用Bioanalyzer? 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)檢測,分離到的游離核酸在170bp附近有典型的峰(箭頭標記)

10mL尿液中分離cfDNA電泳圖
抽提的cfDNA使用 Bioanalyzer? 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)分析,在170bp附近有典型的片段分布

 

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