iPS細胞技術已經取得了舉世矚目的進展。一個個突破性的成果既給我們帶來了喜悅，也帶來了新的挑戰，細胞重編程有望迎來一個新的研究浪潮。盡管iPS細胞有著誘人的應用前景，然而，未來iPS細胞的研究也面臨著許多亟需解決的問題：

第一，效率問題。目前，誘導產生iPS細胞的率仍然很低，這與基因導人的方式整合位點、表觀遺傳學等多種因素有關。這已成為制約iPS從實驗室走向臨床的最大瓶頸。因此，如何提高iPS細胞的制備效率仍是人們普遍關注的問題。

第二，安全性問題。現在誘導iPS細胞通常借助逆轉錄病毒為載體，將幾種癌基因轉入分化細胞誘導其成為iPS細胞，而這種方法就有可能會因為外源基因插入細胞基因組，干擾了內源基因的表達，從而誘發癌癥。

第三，機制問題。細胞的多能性受到轉錄因子網絡和表觀遺傳學的復雜調控，那么，僅僅依靠導人的幾個轉錄因子是如何完成這一復雜的任務，從而誘導出具有多能性的細胞呢?深入研究體細胞重編程的分子機制，調控機制以及體外定向誘導分化機制也是未來研究的重要任務之一。

1，逆轉錄病毒和慢病毒載體導致腫瘤發生的潛在風險需要加以有效防范。

2，需要深入研究比較iPS細胞和hES細胞在細胞生物學特性、 定向分化機制等方面是否具有顯著的差異。

3，需建立一種新的方法以避免基因轉染或基因轉導帶來的潛在風險, 如通過某些化學藥物或因子激活體細胞中固有的上述轉錄因子的方式以替換外源性基因轉染的方式, 或者用某些因子的短暫性表達代替永久性導入。

第四，提高制備iPS細胞的效率。需指出的是, iPS細胞研究的突破并不意味著ES細胞研究的衰亡, 因為iPS細胞所使用的轉錄因子正是來源于ES細胞長期研究的積累。