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RIPA 提蛋白存在問題怎么辦?

2020-08-26 11:00 作者:洛辰 來源:上海遠(yuǎn)慕生物試劑
    RIPA 裂解液用于樣品總蛋白提取已經(jīng)有三十多年的時間,但是他到底適不適合你的下游實驗,這個事你考慮過嗎?比如 RIPA 提到的蛋白圖譜是否完整? 和其他方法對比提取的蛋白有哪些差異?使用時有沒有潛在問題?一句話:RIPA 到底靠不靠譜?

    研究方法

    分別使用 RIPA 和 2%SDS+超聲提取未激活 T 淋巴細(xì)胞(Lanes 1 和 5)和激活的 T 淋巴細(xì)胞(Lanes 2-4 和 6-8)裂解細(xì)胞提取總蛋白

    WB 進(jìn)行 caspase-3, caspase-7, parp and GD1 活性檢測

    主要發(fā)現(xiàn)

    p24, p20 存在于 RIPA 提取的蛋白中,但 Laemmli 裂解液提取的蛋白中卻不存在。證明了 RIPA buffer 提取蛋白時會人工激活 caspase-3 and caspase-7。

    劃重點:細(xì)胞凋亡研究時要慎用 RIPA

    1、 研究方法

    培養(yǎng)的結(jié)腸癌細(xì)胞分別使用 RIPA 和 NP-40 提取

    用特異性單克隆抗體進(jìn)行免疫共沉淀

    使用同樣量 pp60-src 沉淀蛋白進(jìn)行激酶檢測

    主要發(fā)現(xiàn)

    使用 RIPA 提取蛋白,激酶活性比 NP-40 提取高了七倍

    RIPA buffer 人工增加激酶活性

    劃重點:激酶活性檢測時要慎用 RIPA

    2、 研究方法

    研究使用化學(xué)誘導(dǎo)和無誘導(dǎo)的人細(xì)胞系,總蛋白分別使用 RIPA 和柱式法蛋白提取

    蛋白通過 SDS-PAGE 分離,進(jìn)行 WB 檢測磷酸化蛋白的對比

    NT=細(xì)胞沒有通過化學(xué)處理激活(基線水平),T=細(xì)胞通過化學(xué)激活處理。化學(xué)激活后,磷酸化蛋白(P)預(yù)期應(yīng)比基線水平(NT)增加,非磷酸化蛋白(np)減少。

    3、主要發(fā)現(xiàn)

    通過 actin 條帶強度可以證明蛋白樣品是等量上樣

    STAT3 在兩種提取方法中顯示了同樣的趨勢

    P56 在兩種提取方法中卻顯示明顯的不同

    離心管柱法提取蛋白獲得了預(yù)期的結(jié)果,但是 RIPA 獲得了完全相反的結(jié)果

    4、研究方法

    野生型和突變型乳腺上皮細(xì)胞通過 RIPA 裂解液裂解,通過離心獲取 RIPA 可溶性和不可溶性組份

    RIPA 不可溶性組份用 SDS-PAGE 樣品緩沖液溶解,使用多種抗體進(jìn)行驗證

    5、主要發(fā)現(xiàn)

    RIPA 不可溶性組份中有明顯的蛋白丟失情況

    野生型和突變型樣品均有丟失蛋白,包括磷酸化蛋白和非磷酸化蛋白(pY-416c-Src)

    劃重點:在某些蛋白質(zhì)磷酸化研究中慎用 RIPA

    6、研究方法

    使用 RIPA buffer 提取乳腺癌組織中總蛋白

    RIPA 方法提取丟棄的不可溶性組份通過尿素裂解液再次提取蛋白

    通過質(zhì)譜分析兩部分蛋白質(zhì)圖譜

    7、主要發(fā)現(xiàn)

    RIPA buffer 提取后不可溶性組份中含有很多種蛋白

    幾乎所有的細(xì)胞外基質(zhì)蛋白都存在于不溶性組分中

    不溶性組分中蛋白質(zhì)的分子量平均高出 60%

    RIPA 在 4 種乳腺癌樣品提取中都產(chǎn)生了明顯的蛋白丟失,主要是高分子量蛋白

    劃重點:細(xì)胞外基質(zhì)研究時慎用 RIPA

    8、研究方法

    小鼠組織樣品分別使用離心管柱法和 RIPA buffer 提取總蛋白

    RIPA 提取后不可溶組份進(jìn)一步使用離心管柱法進(jìn)行提取

    提取后的蛋白通過 SDS-PAGE 分離,考染進(jìn)行對比

    9、主要發(fā)現(xiàn)

    RIPA 不可溶組份仍可以提取出蛋白,分子量從小于 20KD 到大于 120KD 范圍,證明 RIPA 提蛋白有丟失

    最明顯的區(qū)域是低分子量蛋白

    蛋白丟失是具有選擇性,且不成比例的

    不同的樣品間蛋白丟失的圖譜是不同的

    劃重點:定量,定性蛋白研究慎用 RIPA

    What?看完一臉懵 X 嗎?用了這么久的 RIPA 居然有這么多慎用,這也太不靠譜了,那該怎么辦?

    如果正在做以上實驗研究遇到問題,那么務(wù)必要使用不同提取蛋白的方法來驗證結(jié)果!
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