染料在生物化學中最早的應用是直接對切片進行染色，然后進行觀察。隨著生物技術、計算機技術以及熒光光譜測定技術的不斷發展，許多染料尤其是熒光染料在細胞檢測、腫瘤基因蛋白分析、毒物分析、臨床醫療診斷等方面得到了廣泛的應用。熒光染料泛指吸收某一波長的光波后能發射出另一大于吸收光波長的光波的物質。利用熒光染料進行抗體標記分析在現代生物免疫學領域中應用廣泛，并逐步顯示出明顯的優越性。下面簡要介紹應用于標記抗體的熒光染料及其種類：

1. 熒光素類染料，包括異硫氰酸熒光素(FITC)、 羥基熒光素(FAM)、四氯熒光素(TET)等及其類似物。這是一類具有較多苯環的化合物。應用最廣泛的是FITC(如圖為FITC標記的組織熒光圖)，在488nm處由氬離子激光激發，發射525nm的藍綠色熒光。FITC能夠與各種抗體蛋白結合，并在堿性溶液中穩定呈現藍綠色熒光。

2. 羅丹明類染料，包括紅色羅丹明（RBITC）、四甲基羅丹明（TAMRA）、羅丹明B（TRITC）等。TRITC在550nm處被激發可發射出570 nm的黃色熒光。

3. Cy系列菁染料，菁染料通常有兩個雜環體系組成，包括Cy2、 Cy3、 Cy3B、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、Cy7及其類似物。

4. Alexa系列染料，它是由Molecular Probes開發的系列熒光染料。其激發光和發射光光譜覆蓋大部分可見光和部分紅外線光譜區域，應用廣泛。 以高亮度、穩定性、儀器兼容性、多種顏色、pH值不敏感以及水溶性為主要特點。包括Alexa Fluor 350、405、430、488、532、546、555、568、 594、610、633、647、680、 700、750。目前市面上Alexa系列染料應用非常廣泛，且逐漸替代傳統的熒光染料，如Alexa Fluor 488可替代FITC、Cy2；Alexa Fluor 555可替代Cy3、TAMRA；Alexa Fluor 633可替代APC、Cy5等。

5. 蛋白類的染料，包括藻紅蛋白（PE）、藻藍蛋白（PC）、別藻藍蛋白（APC）、多甲藻黃素-葉綠素蛋白（preCP）等。他們大多是在藍藻中發現的蛋白。這類熒光染料可以與Cy系列菁染料偶聯形成復合染料用于抗體標記。如市面上常用的有PE-Cy3/Cy5/Cy7、APC-Cy7、PerCP-Cy5.5等。

對于科研工作者，該如何選擇合適的熒光染料呢？理想的熒光染料一般具有以下幾個特點：

1. 具有高的光子產量，信號強度高；

2. 對激發光有較強的吸收，降低背景信號；

3. 激發光譜與發射光譜之間距離較大，減少背景信號的干擾；

4. 易與被標記的抗原、抗體或其他生物物質結合而不影響被標記物的特異性；

5. 穩定性好，不易受光、溫度、PH、標本抗凝劑和固定劑的影響。

用戶可根據儀器以及實驗需求來選擇對應的熒光染料。