1，透析袋濃縮法
利用透析袋濃縮蛋白質溶液是應用最廣的一種。將要濃縮的蛋白溶液放入透析袋（無透析袋可用玻璃紙代替），結扎，把高分子（6000－12000）聚合物如聚乙二醇（碳蠟）、聚乙烯吡咯、烷酮等或蔗糖撒在透析袋外即可。也可將吸水劑配成30%－40%濃度的溶液，將裝有蛋白液的透析袋放入即可。吸水劑用過后，可放入溫箱中烘干或自然干燥后，仍可再用。
主要用于更換蛋白質的緩沖液，有透析袋即可，不需要特殊的儀器。

2，冷凍干燥濃縮法
這是濃縮蛋白質的一種較好的辦法，它既使蛋白質不易變性，又保持蛋白質中固有的成分。它是在冰凍狀態下直接升華去除水分。具體做法是將蛋白液在低溫下冰凍，然后移置干燥器內（干燥器內裝有干燥劑，如NaOH、CaCl2和硅膠等）。密閉，迅速抽空，并維持在抽空狀態。數小時后即可獲得含有蛋白的干燥粉末。干燥后的蛋白質保存方便，應用時可配成任意濃度使用。也可采用凍干機進行冷凍干燥。在冷凍狀態下讓揚品種的液體升華

3，吹干濃縮法
將蛋白溶液裝入透析袋內，放在電風扇下吹。此法簡單，但速度慢，且溫度不能過高，最好不要超過15℃。

4，超濾膜濃縮法
此法是利用微孔纖維素膜通過高壓將水分濾出，而蛋白質存留于膜上達到濃縮目的。有兩種方法進行濃縮：一種是用醋酸纖維素膜裝入高壓過濾器內，在不斷攪拌之下過濾；另一種是將蛋白液裝入透析袋內置于真空干燥器的通風口上，負壓抽氣，而使袋內液體滲出。
主要針對小體積蛋白質溶液（幾ml）此法更不易引起變性，不過得有濃縮器，不是哪個實驗室都有的。

5，凝膠濃縮法
選用孔徑較小的凝膠，如SephadexG25或G50，將凝膠直接加入蛋白溶液中。根據干膠的吸水量和蛋白液需濃縮的倍數而稱取所需的干膠量。放入冰箱內，凝膠粒子吸水后，通過離心除去。

6，濃縮膠濃縮法
濃縮膠是一種高分子網狀結構的有機聚合物，具有很強的吸水性能。每克干膠可吸水120ml～150ml。它能吸收低分子量的物質，如水、葡萄糖、蔗糖、無機鹽等，適宜濃縮10000分子量以上的生物大分子物質。濃縮后，蛋白質的回收率可達80%～90%。比凝膠應用方便，直接加入被濃縮的溶液中即可。必須注意，濃縮溶液的pH值應大于被濃縮物質的等電點，否則在濃縮膠表面產生陽離子交換，影響濃縮物質的回收率。

7，丙酮沉淀法：
試驗要求的儀器簡單，但是常常導致蛋白質變性。

8，免疫沉淀法：
通過免疫沉淀法，用蛋白質特異性能夠定量能夠分離目的蛋白。有三個步驟組成：首先將特異性抗體加入細胞提取物，第二步加入經化學固定的金黃色葡萄球菌，以確保形成大量沉淀。這些細菌通過蛋白質A和抗體形成復合物，蛋白質A與免疫球蛋白的Fc部分有高度的親和性。或者說，純化的蛋白A結合 Sephrarose樹脂，為從細胞提取物中分離出抗原抗體復合物，提供一個固體基質。最后通過洗脫，除去尚未沉淀的雜質。
為了除去已破碎的或固定差的細胞，在用于免疫沉淀（作用）之前可以與纖細地金黃色葡萄球菌細胞，如果要用蛋白質ASephrarose樹脂,參考廠家說明書。

9，硫酸銨沉淀法：
利用高濃度鹽將蛋白質析出（鹽析），選擇硫酸按是因為：鹽析有效性，pH范圍廣，溶解度高，溶液散熱少，經濟。

10，(低溫)有機溶劑沉淀法：
強調低溫（0-4度以下）是因為10度時蛋白會在有機溶劑中變性，可用乙醇，丙酮等。注意：Mg2++離子，pH值。

11，聚乙二醇（PEG）沉淀法：
PEG是一個水溶性非離子多聚體，使用PEG時旨在個別情況下才會是蛋白質稍有變性！他溶解是散熱低，形成沉淀的平衡時間短，通常達到30%時蛋白質就會達到最大量的沉淀。