1、在開展一個蛋白純化以前，應當對其蛋白有一定的科學研究，包含其性質，敏感性，比如該蛋白的溶解度，對高鹽或pH比較敏感，是不是非常容易空氣氧化等；

2、需要考慮蛋白的主要用途，來決定制取蛋白的數量級規模，這就需要充分考慮層析柱的規格，獲得的蛋白濃度值怎樣，是不是需要維持其活力及其防止多余的污染物；

3、蛋白的檢驗方式 ，針對帶有不一樣成分的蛋白水溶液，其檢驗方式 一般不一樣，融合其敏感度，正確度，精確性等綜合性考慮在不一樣純化流程中采用不一樣的檢驗方式 ；

4、蛋白緩沖液添加劑，出自于提升 蛋白可靠性，避免微生物生長發育，減少冰度或維持蛋白活力等，一般能夠 加上各種各樣表面活性劑，金屬材料抗氧化劑，胰蛋白酶緩聚劑，添加劑，氧化劑各種各樣緩存文件成份等；

5、蛋白的存儲標準，確保活力的前提條件下，其適宜的溫度，是不是能夠 冷凍，不斷凍融循環，存儲器皿等；

純化前需要對序列信息內容開展科學研究，能夠 根據軟件分析間接性獲得一些蛋白的基本情況特性。在表述全過程中，采用細菌，細菌，或是動物細胞系統軟件更強，表述后是不是確保其恰當的漢語翻譯裝飾，復制時挑選哪種標識更易過表達和純化全是需要考慮的難題。表述后提取液采用如何的全過程開展體細胞粉碎，粉碎全過程中是不是會造成蛋白轉性，構造發生改變，是不是會造成溶解，可靠性產生變化等。純化全過程中采用哪種純化方法，如蛋白質變性，有機溶液沉積，或是離心式，電泳原理，層析柱等方式 的挑選，根據粗獲取，到植萃，期內的純化次序直到最終的規模性大批量化得到。
生物信息學在蛋白質純化設計方案中的運用

一般能夠 獲得下列信息內容：

1、多肽鏈的分子質量。

2、等電點PI，能夠 開展離子交換法層析或是等電點沉積方式 開展純化，酸堿性蛋白選用陽離子互換環氧樹脂，偏堿蛋白選用正離子互換環氧樹脂，

3、克分子消光系數，谷氨酸，色氨酸，二硫鍵等在280nm光波長上有消化吸收值，根據克分子消光系數能夠 測算蛋白濃度值。

4、胱胺酸成分，決定是不是在純化全過程中加上DTT等氧化劑。

5、二級結構，能夠 分辨趨向于產生α螺旋式和β拐角等二級結構。

6、可靠性，能夠 預測分析蛋白在身體的藥物半衰期和多變性。

7、親水性區和跨膜區，能夠 用于尋找潛在性的跨膜地區，而且對作用不明的蛋白，能夠 預測分析其是不是為膜蛋白。

8、序列相似度暗示著開放閱讀框和很有可能同樣的輔因子親和性。能夠 查找蛋白數據庫查詢以明確其是不是與別的某一已經知道蛋白具備很高的相似度。9、潛在性裝飾結構域。能夠 分辨是不是有糖基化結構域，生物素化結構域，金屬材料融合結構域。

10、大腸埃希菌中過表達蛋白的可溶。一個蛋白在大腸埃希菌過表達，能夠 根據序列預測分析是可溶解的或是不能溶的包涵體。

可是根據蛋白序列依然沒法獲得大量精確的信息內容，比如蛋白的三級構造，樣子，表層特性，多亞基特點，同宗多聚體或異源多聚體，地基沉降特性等。因而根據蛋白序列能夠 分析判斷一些純化對策，但大量情況下蛋白純化或是經驗性的試驗工作中為主導。