反向PCR是一種多聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)應(yīng)用的方法，可使已知序列的核心區(qū)邊側(cè)的未知RMA成幾何級(jí)數(shù)擴(kuò)增。用適當(dāng)?shù)南拗菩詢?nèi)切裂解含核心區(qū)的RMA，以產(chǎn)生適合于PCR擴(kuò)增大小的片段，然后片段的末端再連接形成環(huán)狀分子。PCR的引物同源于環(huán)上核心區(qū)的末端序列，但其方向可使鏈的延長(zhǎng)經(jīng)過環(huán)上的未知區(qū)而不是分開引物的核心區(qū)。這種反向PCR方法可用于擴(kuò)增本來就在核心區(qū)旁邊的序列，還可應(yīng)用于制備未知序列探針或測(cè)定邊側(cè)區(qū)域本身的上、下游序列。

用傳統(tǒng)的緩沖液和其他提供者推薦的條件裂解RMA。反向PCR所擴(kuò)增的片段的大小由 PCR擴(kuò)增片段的大小決定，目前，PCR擴(kuò)增的實(shí)際上限為3-4 kb。在許多情況下，首先需要進(jìn)行Southern雜交來確定內(nèi)切酶用以產(chǎn)生大小適于環(huán)化及反向PCR的片段的末端片段。能裂解核心區(qū)的內(nèi)切酶使反向PCR只能擴(kuò)增引物所定模板(依賴于引物)的上游或上游區(qū)，而不裂解核心區(qū)的酶則使兩上邊側(cè)序列都擴(kuò)增，并帶有由內(nèi)切酶和環(huán)化類型決定的接點(diǎn)(例如，互補(bǔ)突頭連接與鈍頭連接)。對(duì)于擴(kuò)增左翼或右翼序列，初試時(shí)最好靠近識(shí)別多個(gè)堿基位點(diǎn)的酶，并已知在核心區(qū)有其方便的裂解位點(diǎn)。如果用反向PCR從含有大量不同的克隆">克隆片段的同一載體中探測(cè)雜交探針，建議事先在載體中引入合適的酶切位點(diǎn)。

用T4連接酶在稀RMA濃度下環(huán)化更容易形成單環(huán)。在一些實(shí)驗(yàn)中，為產(chǎn)生對(duì)反向PCR大小適當(dāng)?shù)腞MA片段需要兩種內(nèi)切酶，但這樣所產(chǎn)生的片段末端則不適于連接，環(huán)化前需用Klenow或噬菌體T4 RMA聚合酶修理(鈍化)。連接前，需用酚或熱變性使內(nèi)切酶失活。

聚合酶鏈反應(yīng)條件與經(jīng)典所用的相同，例如，94℃-30秒變性，58℃-30秒引物退火，Taq聚合酶70℃延伸3分鐘，進(jìn)行30個(gè)循環(huán)。可改變PCR條件以生產(chǎn)特異產(chǎn)物。將反向 PCR用于測(cè)序時(shí)，與核心區(qū)末端后部結(jié)合的擴(kuò)增引物更為有用，它使測(cè)序引物擴(kuò)增部分的核心序列與未知邊側(cè)序列間的接點(diǎn)更近，減少了擴(kuò)增引物的干擾。

常規(guī) PCR 是擴(kuò)增兩引物之間的 DNA 片段,反向 PCR(reverse PCR)是用引物來擴(kuò)增兩引物以外的 DNA 片段。

一般先用限制性內(nèi)切酶酶解 DNA(目的基因中不存在該酶的酶切位點(diǎn),且片段應(yīng)短于2～3kb),然后用連接酶使帶有黏性末端的靶片段自身環(huán)化,最后用一對(duì)反向引物進(jìn)行 PCR,得到的線性 DNA 將含有兩引物外側(cè)的未知序列。該技術(shù)可對(duì)未知序列擴(kuò)增后進(jìn)行分析,如探索鄰接已知 DNA 片段的序列。

反向 PCR 已成功地用于僅知部分序列的全長(zhǎng) cDNA 克隆,Picter 中曾用此法擴(kuò)增基因文庫的插入 DNA。