一、傳代保存法：
有些微生物當(dāng)遇到冷凍或干燥等處理時(shí)，會(huì)很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養(yǎng)保存法。傳代培養(yǎng)就是要定期地進(jìn)行菌種轉(zhuǎn)接、培養(yǎng)后再保存，它是最基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產(chǎn)菌種的保存。傳代保存時(shí)，培養(yǎng)基的濃度不宜過高，營養(yǎng)成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應(yīng)在可能的范圍內(nèi)盡量降低。培養(yǎng)溫度通常以稍低于最適生長溫度為好。若為產(chǎn)酸菌種，則應(yīng)在培養(yǎng)基中添加少量碳酸鈣。
一般地，大多數(shù)菌種的保藏溫度以5℃為好，像厭氧菌、霍亂弧菌及部分病原真菌等微生物菌種則可以使用37℃進(jìn)行保存，而蕈類等大型食用菌的菌種則可以室溫直接保存。傳代培養(yǎng)保存法雖然簡便，但其缺點(diǎn)也很明顯，如：
①菌種管棉塞經(jīng)常容易發(fā)霉;
②菌株的遺傳性狀容易發(fā)生變異;
③反復(fù)傳代時(shí)，菌株的病原性、形成生理活性物質(zhì)的能力以及形成孢子的能力等均有降低;
④需要定期轉(zhuǎn)種，工作量大;
⑤雜菌的污染機(jī)會(huì)較多。

二、液體石蠟覆蓋保存法：
該法較前一種方法保存菌種的時(shí)間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細(xì)菌等的保存。此法可防止干燥，并通過限制氧的供給而達(dá)到削弱微生物代謝作用的目的。其具有方法簡便的優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)也適用于不宜冷凍干燥的微生物(如產(chǎn)孢能力低的絲狀菌)的保存，而某些細(xì)菌如固氮菌、乳酸桿菌、明串珠菌、分枝桿菌、紅螺菌及沙門氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克銀漢霉、毛霉、根霉等不宜采用此法進(jìn)行保存。

三、載體保存法：
即將微生物吸附在適當(dāng)載體上進(jìn)行干燥保存的方法。常用的有方法包括以下幾種，如：
①土壤保存法：主要用于能形成孢子或孢囊的微生物菌種的保藏。方法是在滅菌的土壤中加入菌液，立即在室溫下進(jìn)行干燥或使菌體繁殖后再干燥，然后冷藏或在室溫下密封保存。保存用的土壤原則上以肥沃的耕土為宜，土壤需風(fēng)干、粉碎、過篩和滅菌。使微生物在土壤中繁殖后進(jìn)行干燥保存的方法是：取適量土壤(5克)，置于塞有棉塞的試管中，加水或加入充分稀釋的液體培養(yǎng)基(以含水量為土壤最大持水量的60%為宜)，然后高壓滅菌。再將需保存的微生物進(jìn)行大量接種，培養(yǎng)至菌絲能用肉眼確認(rèn)的程度為止，移入干燥器中經(jīng)短時(shí)間干燥或風(fēng)干后密封，冷藏或室溫保存。
②砂土保存法：取清潔的砂，篩去掉大砂粒，并用磁鐵吸去砂中鐵屑，再用NaOH溶液、10%HCl溶液和水交替清洗數(shù)次，干燥后，置于試管或安瓶管中保持2～3cm深，再經(jīng)干熱滅菌后，加入1mL菌種培養(yǎng)液，經(jīng)充分混勻后，放入真空干燥器中，完全干燥后熔封保存。也可用二份洗凈的砂(經(jīng)HCl預(yù)處理)和一份貧瘠、過篩的黃土攙和后滅菌，再進(jìn)行菌種保藏。
③硅膠保存法：以6～16目的無色硅膠代替砂子，干熱滅菌后，加入菌液。加菌液時(shí)，由于硅膠的吸附熱常使溫度升高，因而需設(shè)法加以冷卻。
④磁珠保存法：將菌液浸入素?zé)胖?或多孔玻璃珠)后再進(jìn)行干燥保存的一種方法。在螺旋口試管中裝入1/2管高的硅膠(或無水CaSO4)，上鋪玻璃棉，再放上10～20粒磁珠，經(jīng)干熱滅菌后，接入菌懸液，最后冷藏、室溫保藏或減壓干燥后密封保藏。本法對酵母菌很有效，特別適用于根瘤菌，可保存長達(dá)兩年半時(shí)間。
⑤麩皮保存法：在麩皮內(nèi)加入60%的水，經(jīng)滅菌后接種培養(yǎng)，最后干燥保藏。
⑥紙片(濾紙)保存法：將滅菌紙片浸入培養(yǎng)液或菌懸液中，常壓或減壓干燥后，置于裝有干燥劑的容器內(nèi)進(jìn)行保存。

四、懸液保存法：
即使微生物混懸于適當(dāng)溶液中進(jìn)行保存的方法。常用的方法有：
①蒸餾水保存法：適用于霉菌、酵母菌及絕大部分放線菌，將其菌體懸浮于蒸餾水中即可在室溫下保存數(shù)年。本法應(yīng)注意避免水分的蒸發(fā)。
②糖液保存法：適用于酵母菌，如將其菌體懸浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗處保存，可長達(dá)10年。除此之外，也可使用緩沖液或食鹽水等進(jìn)行保存。

五、寄主保存法：
即令微生物侵入其寄主后加以保存的方法。用于目前尚不能在人工培養(yǎng)基上生長的微生物，如病毒、立克次氏體、螺旋體等，它們必須在生活的動(dòng)物、昆蟲、雞胚內(nèi)感染并傳代，此法相當(dāng)于一般微生物的傳代培養(yǎng)保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法與冷凍干燥保藏法進(jìn)行保藏。

六、冷凍保存法：
適用于抗凍力強(qiáng)的微生物。這些微生物可在其菌體細(xì)胞外遭受凍結(jié)的情況下而不受損傷，而對其它大多數(shù)微生物而言，無論在細(xì)胞外凍結(jié)還是在細(xì)胞內(nèi)凍結(jié)，都會(huì)對菌體造成損傷，當(dāng)采用這種保藏方法時(shí)，應(yīng)注意以下幾點(diǎn)：
① 要選擇適于冷凍干燥的菌齡細(xì)胞。
② 要選擇適宜的培養(yǎng)基，因?yàn)槟承┪⑸飳鋬龅牡挚沽ΓｋS培養(yǎng)基成分的變化而顯示出巨大差異。
③ 要選擇合適的菌液濃度，通常菌液濃度越高，生存率越高，保存期也越長。
④ 最好在菌液內(nèi)不添加電解質(zhì)(如食鹽等)。
⑤ 可在菌液內(nèi)添加甘油等保護(hù)劑，以防止在冷凍過程中出現(xiàn)菌體大量死亡的現(xiàn)象。同樣，也可添加各種糖類、去纖維血液和脫脂牛乳等具有良好保護(hù)效果的溶劑，但對有些微生物而言，不加保護(hù)劑時(shí)更有效。
⑥ 原則上應(yīng)盡快進(jìn)行冷凍處理，但當(dāng)加入保護(hù)劑時(shí)，可靜置一段時(shí)間后再進(jìn)行處理。
⑦ 就動(dòng)物細(xì)胞而言，應(yīng)在-20℃范圍內(nèi)以1℃/min左右的速度緩慢降溫，此后必須盡快降到貯藏溫度；而對絕大多數(shù)微生物而言，則不必如此，如結(jié)構(gòu)較為復(fù)雜的原蟲則可在-35℃范圍內(nèi)進(jìn)行緩慢降溫，而噬菌體則必需采用上述的二階段法進(jìn)行冷凍。
⑧ 若進(jìn)行長期保存，則貯藏溫度越低越好。
⑨取用冷凍保存的菌種時(shí)，應(yīng)采取速融措施，即在35～40℃溫水中輕輕振蕩使之迅速融解。而就厭氧菌來說，則應(yīng)選擇靜置融化的措施。當(dāng)冷凍菌融化后，應(yīng)盡量避免再次冷凍，否則菌體的存活率將顯著下降。