多抗是多個B細胞克隆產生的針對多種抗原表位的多種抗體混合物，單抗是一個B細胞克隆產生的針對一種抗原表位的的單一抗體。對抗體的特異性要求高，用量較大或需要長期使用一致的抗體，制備的抗體應用要求多。例如，WB/IP/IF/ICC等，一般選擇單抗。對抗體的特異性要求不高，需要做沉淀和凝集反應的檢測性實驗或者只需做ELISA檢測，一般選擇多抗。

單克隆抗體
優點
特異性強
背景噪音低
幾乎不存在交叉反應
批次間差異小

缺點
制備周期長
費用高
難以識別與免疫原蛋白具有高度同源性的蛋白

應用
檢測特定抗原
免疫組織化學、免疫細胞化學和免疫熒光實驗
檢測分子構象或磷酸化狀態的變化
免疫治療

多克隆抗體
優點
由于識別多個表位，對抗原的親和力
更高穩定性好
易于生產，價格便宜，時間短

缺點
存在批次間差異
存在交叉反應
背景噪音高

應用
檢測具有高抗原同源性的抗原的亞型
檢測可能具有遺傳多態性、糖基化或構象改變的靶點
在具有不同PH和鹽濃度的溶液中檢測目標抗原