PCR是從轉錄水平上檢測目的基因,而非蛋白，從轉錄到翻譯還有復雜的過程，因此基因的表達量與蛋白的表達量不一定是正相關的。
WB只能半定量,但是可以檢測細胞膜蛋白，這點ELISA做不到，ELISA可用定量方法檢測蛋白,也就是說你可以觀察不同濃度刺激物對目的蛋白的影響。

基因翻譯蛋白質，PCR可以檢測基因的表達量，絕對定量和相對定量。但基因翻譯表達蛋白質是個復雜的過程，有可能出現基因量大而蛋白質少，或者相反，甚至其他情況。所以，PCR是從基因層面DNA或mRNA進行的檢測， 而Western Blot是目前一種結合內參對蛋白質進行半定量的方法，Elisa可以定量檢測某些蛋白、激素等。

一、目的
雖然兩者都是通過抗原抗體反應對蛋白質進行檢測，WB主要還是定性，Elisa可以定性，也可以定量。
WB所檢測的一般是抗原，而Elisa抗原抗體都可以檢測。
WB所檢測的抗原可以知道其分子量的大小，或是否是多聚體、降解產物等，一句話，WB可以確定所用抗體是與那種蛋白起作用的；而Elisa無能為力，一鍋端了。

二、模式
WB是（抗原-抗體-二抗酶）模式進行檢測；Elisa模式有多種，如（抗原-抗體-二抗酶）、（抗原-抗體-抗原酶）、（抗抗體-抗體-抗原酶）、（抗體-抗原-抗體酶）、（抗抗體-抗體-抗原-抗體酶）等等很多很多。

三、抗體的適用性
WB所適用的一抗一般是線性位點的，ELISA線性或構象型抗體都可以使用。從另一個意義上講，WB可以做抗體是線性位點還是構象型位點的補充判定，而Elisa不行。

四、靈敏度
一般Elisa的靈敏度要遠高于WB，這從一般酶標記物的使用濃度或待檢樣品的稀釋度上就可以看出。

五、可操作性
WB一次處理量就是一塊膠版，10-20個樣品最多了。Elisa一塊96孔板一次可以處理96個樣本，可以設置多個復孔、對照、梯度樣等來提高檢測的可信度。
WB操作常見的非特異性條帶，膜本底差，顯色不好等等缺點在Elisa上表現得要好得多。

六、商品化度
WB不管怎樣，都要自己先做電泳。而Elisa有很多成熟的商品化試劑盒了，只要不怕花錢，檢測要方便快捷得多。