菌株（在非細胞型的病毒中則稱毒株或株）是指從不同來源的標本中分離而得的相同菌種，它表示任何由一個獨立分離的單細胞（或單個病毒體）通過無性繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代。因此，一種微生物的每一不同來源的純培養物或純分離物均可稱為某菌種的一個菌株。如培養傷寒桿菌時可從血液中、骨髓中、糞便中、膽汁中進行分離培養，而以膽汁中者最為良好，稱為標準株。

主要特征
①菌株實為一個物種內遺傳多態性的客觀反映，其數目幾乎是無數的；
②菌株這一各詞所強調的是遺傳型純的譜系；
③菌株與克隆（即無性繁殖系）的概念相同；
④在同一菌種的不同菌株間，作為鑒定用的一些主要性狀雖個個相同，但不作為鑒定用的一些“小”性狀卻可有很大差異，尤其是一些生化性狀、代謝產物（抗生素、酶等）的產量性狀等；
⑤菌株實際上是某一微生物達到遺傳型純的標志，因此，一旦某菌發生自發或人工變異后，均應標以新的菌株名稱；
⑥當我們在進行菌種保藏、篩選或科學研究時，在進行學術交流或發表學術論文或著作時，在利用菌種進行生產時，以及在索取或寄送菌種時，都必須在菌種后標出該菌株的名稱；
⑦菌株的名稱可隨意確定，一般可用字母加編號表示（字母多數表示實驗室、產地或特征等的名稱，編號則表示序號等數字）。

菌株的保存使用
1、新引進的菌種經形態、染色、培養性狀、生化特性等的鑒別確定后作記錄，并進行保存。
2、長期保存的儲存菌株以冷凍干燥保藏為主，特殊要求的菌種可用其它方法進行保存，保存期可長達幾年至幾十年。
3、半儲存菌株以含20%甘油的肉湯或液體石臘封存的半固體瓊脂為主，在0℃以下保存，保存期為3－6個月。
4、應用菌株以瓊脂斜面為主，在4℃保存，保存期為1－3個月。
5、菌種的傳代不可超過6次。視菌種的特性及使用情況，一般儲存菌株每5年傳記代一次，每1-2年從儲存菌株轉接至半儲存菌株，半儲存菌株每3-6個月傳代一次，每1-3個月從半儲存菌株轉接接至應用菌株。
6、每次檢驗用的菌株必須是從應用菌株轉接的新鮮菌株。每支應用菌株用兩次后必須銷毀（121℃，0.1MPa高壓滅菌處理15分鐘以上）。
7、各級保存的菌株應有明確的編號、名稱、傳代數、日期等到標識。
8、菌種的收發、保存、使用、傳代等應及時認真詳細地登記，以備查核。
9、在保存過程中，如發生污染退化等問題，應及時報告，以便處理。

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